Año 2024. Cuando el joven Thomas despierta, se encuentra en un ascensor y no recuerda quién es. De pronto, el ascensor se detiene, las puertas se abren y una multitud de chicos lo recibe. Ha llegado al Claro, un lugar rodeado de altísimos muros con dos portones que todas las mañanas se abren y dan paso a un inmenso laberinto. De noche, las puertas se cierran y por el laberinto circulan unas aterradoras criaturas llamadas laceradores. Todo lo que ocurre en el Claro sigue unas pautas: al abrirse las puertas, algunos chicos salen a correr al laberinto para buscar una salida. Una vez al mes, el ascensor sube con un nuevo chico, nunca una chica... hasta ahora. Tras la llegada de Thomas, suena una alarma y el ascensor trae a otra persona. Es una chica, y en la nota que la acompaña pone: "Ella es la última. No llegarán más". Las cosas en el Claro empiezan a cambiar, y lo único en lo que Thomas puede pensar es en lo mucho que desea ser un corredor.

Thomas y los demás clarianos tendrán que enfrentarse al mayor desafío de sus vidas: buscar pistas sobre la misteriosa y poderosa organización "CRUEL". Esta aventura los llevará a "La Quemadura", un apocalíptico lugar lleno de inimaginables obstáculos. Aliados con miembros de la Resistencia, tendrán que descubrir quiénes son los dirigentes de la secta y cuáles son sus planes.